Бездетный Туберозов сохраняет весь пыл сердца и всю энергию молодости. Личность Бенефактова — воплощённая кротость и смирение. Дьякон Ахилла богатырь и прекрасно поёт, но из-за своей увлечённости получает прозвище «уязвлённого». Предводитель дворянства привозит из Петербурга три трости: две с одинаковыми золотыми набалдашниками и одну с серебряным для Ахиллы, чем наводит на поповку «сомнение». Туберозов увозит обе трости в город и на своей гравирует «Жезл Ааронов расцвёл», а на трости Захарии — «Даде в руку его посох». Ахиллову трость он прячет под замок, потому как она не полагается ему по сану. «Легкомысленная» реакция Ахиллы приводит к тому, что отец Савелий с ним не разговаривает.
Со времени своего рукоположения Туберозов ведёт «демикотоновую» книгу, куда записывает, как «прекраснодушна» его супруга Наталья Николаевна, как он знакомится с барыней Плодомасовой и её слугой-карликом Николаем Афанасьевичем, как бедняк Пизонский пригревает мальчика-сироту. Последняя история служит основой для проповеди, за которую, а также за неподобающее отношение к раскольникам, на протопопа пишут доносы. Ахилла «уязвлён» учителем Варнавой Препотенским, который ставит опыты над утопленником. В день Мефодия Песношского, когда «пейзаж представляет собой простоту жизни, как увертюра представляет музыку оперы», жители Старгорода идут купаться.
Выезжающий на красном коне из реки Ахилла рассказывает, что отобрал у учителя Варнавки кости покойника, но их снова украли. Лекарь стращает дьякона незнакомыми словами, тот обещает «выдушить вольнодумную кость» из города и просит называть себя «Ахиллой-воином». Валериан Николаевич Дарьянов приходит к просвирне Препотенской, где застаёт её сына Варнаву. Тот сообщает, что математически доказал Туберозову «неверность исчисления праздничных дней» и считает, что такие, как протопоп, замедляют «революцию» и вообще служат в тайной полиции. Когда мать отдаёт Ахилле кости, Препотенский отправляется к акцизнице Дарье Николаевне Бизюкиной, и та даёт ему платок на шею, чтобы, когда Ахилла его бил, было «мягко и небольно». Варнава возвращает кости, мать их хоронит, но свинья выкапывает, Препотенский дерётся с Ахиллой. Разговор Варнавы слышит ученица Туберозова Серболова, которая призывает Препотенского не огорчать мать. Просвирня признает, что сын её добрый, но испорченный и, в то время как он кормит её лошадиной ветчиной, поит его наговорной водой.
На именины исправницы приезжает плодомасовский карлик с сестрой. Николай Афанасьевич рассказывает, как покойная хозяйка-«утешительница» Марфа Андреевна отпускает на волю всю его родню и тем самого «ожесточает», как хочет женить Николая Афанасьевича на карлице-чухонке и торгуется с её хозяйкой, как «карла Николавра» встречается и разговаривает с самим государем. Отец протопоп признается предводителю Туганову, что жизнь без идеалов, веры и почтения к предкам погубит Россию, и пришло время «долг исполнять». Тот называет его «маньяком». В город приезжают «неприятные лица» — ревизор князь Борноволоков, университетский товарищ Бизюкина, и Измаил Термосесов, шантажирующий князя его «революционным» прошлым.
Готовясь к встрече гостей, жена Бизюкина, наслышанная о вкусах «новых» людей, выбрасывает из дома все «излишнее» убранство, снимает со стены образ, разыгрывает занятие с дворовыми детьми и даже специально пачкает руки. Но Термосесов удивляет хозяйку словами о необходимости службы и вреде созидающей грамоты во времена разрушения. Он заставляет её переодеться и вымыть руки, в ответ Бизюкина влюбляется в гостя. Термосесов клянётся отомстить её злейшим врагам дьякону и протопопу. Он предлагает Борноволокову тактику, которая докажет допустимость религии лишь как одной из форм администрации и вредность независимых людей в духовенстве. Ревизор уполномочивает его действовать.
В ночь смерти Туберозова карлик привозит разрешение от «запрещения» и протопоп предстаёт в гробу в полном облачении. Ахилла погружается в себя, называет усопшего «мучеником», потому как понимает, о чем заботился покойный, и произносит всего лишь одну фразу на многолюдных похоронах: «Но возрят нань его же прободоша». Ахилла чрезвычайно уязвлён кончиной Савелия, не выходит из дома и даже обвиняет нового протопопа Иордиона Крацианского в «поважности». Дьякон продаёт все имущество и, решив построить Савелию собственный монумент, уезжает к Туганову за советом. Но там обнаруживает, что съел деньги вместе с лепёшками. Туганов даёт ему денег, и Ахилла устанавливает на кладбище пирамиду с херувимами, всем своим видом подтверждающую «возвышенную чувствительность» дьякона.
Умирает Николай Афанасьевич, и Ахилла справедливо уверен, что «она» вскоре придёт за ним и Захарием. Весной в городе появляется ужасный «черт», который, в числе прочих злодеяний, ворует кресты с кладбища и портит памятник протопопу. Ахилла клянётся отомстить, подкарауливает «черта» на кладбище, ловит и всю ночь не выпускает из канавы, сильно замёрзнув. «Черт» оказывается переодетым Данилкой, и, чтобы успокоить толпу, Ахилла демонстрирует его горожанам. Пытается защитить его от наказания, но «падает больным» и вскоре, покаявшись протопопу, умирает. Тихий Захария ненадолго переживает Савелия и Ахиллу, и во время Светлого Воскресения «старгородская поповка» нуждается в полном обновлении!